Охрана территории Барсакельмесского государственного природного заповедника осуществляется силами 15 государственных инспекторов. В заповеднике в полной мере применяется система активной и пассивной охраны. Пассивная охрана заключается в установке, в наиболее уязвимых участках территории и по дороге общего пользования, предупредительных и информационных аншлагов и знаков. На всей территории заповедника установлены 17 панно и аншлагов на природохранную, 9 аншлагов на противопожарную темы и 3 шлагбаума. Ежегодно силами работников службы охраны осуществляется текущий ремонт зданий кордонов, покраска существующих аншлагов и установка новых.